Герои второго фильма не успели перевести дух, как на них начинается настоящая охота. Эдди Брок обвиняется в убийстве детектива, и полиция жаждет расправы. А тем временем в атмосферу Земли входят куда более опасные враги — ксенофаги, продвигаемые могущественным существом по имени Налл. Этот древний владыка симбиотов не оставляет попыток вернуть Венома, потому что внутри него спрятан Кодекс — источник, способный вернуть Наллу свободу.
Задача пришельцев — доставить Венома целым и невредимым. А с Земли за ним отправляются люди в чёрном — элита из Зоны 51 под предводительством учёной Тедди Пейн и полковника Рекса Стрикленда. Эдди и Веном вынуждены скрываться, бороться и искать выход, ведь теперь на кону не только их жизнь, но и баланс между добром и злом во всей галактике.